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國立臺灣大學 應用力學研究所 趙聖德所指導 沈凱綸的 醯胺與酸類分子雙質子轉移反應與取代效應、疊合效應、水合效應之量子化學計算 （2015），提出iupac命名軟體關鍵因素是什麼，來自於氫鍵、醯胺、羧酸、質子轉移、烷基取代、堆疊效應、微水合模型、ωB97XD、SAPT、Gaussian09。

而第二篇論文國立臺灣大學 應用力學研究所 趙聖德所指導 曾志踴的 醯胺分子分子間作用力之取代效應與多肽分子分子間作用力量子化學計算 （2014），提出因為有 氫鍵、甲醯胺、乙醯胺、丙醯胺、N-甲基甲醯胺、N-甲基乙醯胺、N-甲基丙醯胺、多肽、beta-摺疊片層、振動光譜、wB97XD、SAPT、Gaussian09的重點而找出了 iupac命名軟體的解答。

最後網站PDB分子結構座標則補充：首先，以word pad軟體開啟lysozyme的座標檔，你會發現內容與一般text格式相同，但是在每一行 ... 分子結構座標檔案格式，以及生化分子組成原子的命名法的主要參法資料:.

接下來讓我們看這些論文和書籍都說些什麼吧：

除了iupac命名軟體，大家也想知道這些：

醯胺與酸類分子雙質子轉移反應與取代效應、疊合效應、水合效應之量子化學計算

為了解決iupac命名軟體的問題，作者沈凱綸 這樣論述：

我們對甲醯胺或甲酸二聚體執行烷基取代，觀察取代效應對於N-H...O=C型氫鍵以及O-H...O=C型氫鍵的雙質子轉移反應影響。使用Gaussian09 軟體計算各個分子的烯醇式、酮式並最佳化各別的穩定構型，同時計算雙質子轉移反應的過渡態，並以IRC(Intrinsic reaction coordinate)法計算出完整反應路徑以求得正反應能障，觀察並分析烷基取代對質子轉移的影響。另外配合PSI4軟體透過SAPT方法分解分子間作用力，分析分子作用力變化與質子轉移能障的關係。接著我們進行堆疊效應研究，研究當多個二聚體垂直堆疊時，雙質子轉移反應所受之影響。我們利用簡單的醯胺分子與酸分子結構來進

行堆疊，層與層在外側以六環碳相互連接，如同長鏈DNA的外圍骨架般。由此更進一步的了解在堆疊結構下雙質子轉移反應的正反應能障變化。最後我們進行醯胺或酸二聚體與水分子的水合效應研究，近年研究顯示水分子雖然阻礙了含氮鹼基間的直接質子轉移，卻扮演著雙質子轉移反應中的質子提供者與接收者，水分子透過與含氮鹼基的氫鍵網絡參與了質子轉移過程，針對此種情況我們以醯胺或酸分子來當作簡化模型，計算此種水分子參與的質子轉移路徑正反應能障。同時我們也比較了水分子環繞在二聚體外圍以及內鉗於二聚體間的兩種構型，分析其構型位能以及質子轉移正反應能障有何差異。

醯胺分子分子間作用力之取代效應與多肽分子分子間作用力量子化學計算

為了解決iupac命名軟體的問題，作者曾志踴 這樣論述：

透過以烷基取代醯胺分子以研究對於N-H...O=C型氫鍵的影響，使用軟體為Gaussia09軟體並以wB97XD/aug-cc-pVDZ計算甲醯胺、乙醯胺、丙醯胺、N-甲基甲醯胺、N-甲基乙醯胺與N-甲基丙醯胺單體、二聚體的最佳化構型與振動頻率並計算二聚體間的N-H...O=C型氫鍵的作用力，研究以烷基取代對於單體結構、官能基振動頻率與二聚體氫鍵作用力之影響，另外配合PSI4軟體透過SAPT方法分解分子間氫鍵作用力為靜電能、誘導能、色散能與交換能，以更進一步的分析烷基取代對於N-H...O=C氫鍵的影響。接著第二部分為多肽模擬beta-摺疊片層結構，我們改以wB97XD/6-31+G*進行計

算，最佳化出八種單體結構與對應的反平行beta-摺疊片層結構。討論分子內C5氫鍵變化與反平行beta-摺疊片層結構的分子間氫鍵作用力。最後為甲醯胺、乙醯胺與丙醯胺模擬光譜的計算，我們透過wB97XD/aug-cc-pVDZ計算簡諧與非簡諧振動頻率，從模擬光譜中可以看到醯胺分子主要官能基的振動型態，且在比較單體與二聚體光譜可用來觀察氫鍵造成振動頻率的紅移情形。接著與實驗比較後，可以驗證模擬結果的正確。

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